清政府释放了被扣的“二辰丸” 后，要求葡萄牙政府严禁民间贩运军火入澳，同时派遣原任外务部右参议的高而谦去广东查勘有关澳门的事件，并要求葡萄牙政府派员来划分澳门界址。与此同时，两广总督张人骏在湾仔、前山等地增派军队，以防葡萄牙人进一步入侵。这本是中国在自己的领土上布防，澳葡当局和葡萄牙外交部却指责为“华兵入澳”、“置兵澳境”，要求张人骏马上把兵撤走。清政府认为此事关系重大，当即电令张人骏暂不撤兵。

　　澳葡当局马上加以报复，反对张人骏保荐的曾任出使大臣的广东籍官员为中方勘界大臣。与此同时，他们还加紧进行公开的侵略活动，甚至从里斯本和莫桑比克调来炮舰和巡洋舰，向清政府示威。

　　对于澳葡当局的挑衅，张人骏毫不退缩，继续向澳门周围地区增派大批训练有素的军队，还调派“广利”号兵轮在银坑长期驻泊，以应突变。广东的帮会组织也调集力量，筹划反抗澳葡当局的行动。在这种形势下，澳葡当局反倒害怕起来，急忙请港英当局必要时发兵增援，又请英国驻华公使"居间调停"，以缓和一触即发的危机。

　　光绪三十四年(1908年)，围绕着所谓“二辰丸案”，广州和香港人民再次共同开展反日爱国运动。是年一月，澳门商人柯某在日本购买了一批武器，雇用日本轮船“二辰丸”运载，准备走私进入中国大陆。这一消息事先为广州的两广总督衙门及拱北海关获悉，而在澳门附近的九洲洋海面将其截获。日本当局蛮横地向中国政府提出所谓“抗议”，要求中国有关当局向日本道歉、赔款，惩办当事人、释放被扣船只、购买被扣军火等，从而演成了两国的外交事件。清政府接受了日方的要求。粤商自治会反对清政府对日妥协，于1909年3月18日召开大会，赴会者数千人，大书"挽回国权"字样，到督署请愿，在督署门外演说，措词激烈，有暴动罢市之说。3月19日，又召开有数千人参加的国耻纪念会，决定抵制日货。省内各地及梧州、南宁、上海、香港、南洋群岛的群众和华侨纷纷响应，使日本对华商品输出大为下降。

　　广州人民首先行动起来，纷纷罢市，拒绝日本货，开展反日斗争。在“二辰丸案”办理期间，广州市民不断集会示威，香港人民则积极支持，反对日方的无理要求，香港的华文报纸对广州及香港群众的抗争加以大量报道，并发表文章斥责日本当局。香港同胞发起了"振兴国货会"，响应广州市民的行动，抵制日货。他们捣毁贩卖日货的商店，其中就有西环海边贮藏日货的仓库。斗争坚持了8个月之久。日本当局声称香港配合广州人民斗争的自发运动为广东当局所策划，向中国政府及广东当局施加压力。但两广总督张人骏回答：这一运动完全是香港同胞激于义愤所致。